Americká střediska pro kontrolu a prevenci nemocí, CDC, zahájila konsorcium, které zahájilo národní síť sekvenčních laboratoří, která urychlí uvolňování sekvenčních dat SARS-CoV-2 do veřejné sféry. Průvodce pomůže rychlé uvolnění otevřených dat sekvence koronaviru Covid 19 reakce na veřejné zdraví, podpora inovací a objevů a lepší porozumění této a budoucích pandemií.
Tento Sekvenování SARS-CoV-2 pro reakci na mimořádné události v oblasti veřejného zdraví, epidemiologii a dohled (SPHERES) konsorcium, což značně rozšíří využití sekvenování celého genomu (WGS) viru COVID-19. SPHERES poskytne konzistentní data sekvence v reálném čase týmům reakce na veřejné zdraví vyšetřujícím případy a shluky COVID-19 po celé zemi.
Toto nové konsorcium jim pomůže lépe pochopit, jak se virus šíří jak na národní úrovni, tak v jejich místních komunitách. Lepší data zase pomohou úředníkům v oblasti veřejného zdraví přerušit řetězce přenosu, předcházet novým případům nemoci a chránit a zachraňovat životy.
"USA jsou světovým lídrem v pokročilém rychlém sekvenování genomu." Toto koordinované úsilí napříč našimi veřejnými, soukromými, klinickými a akademickými laboratořemi veřejného zdraví bude hrát zásadní roli v porozumění přenosu, evoluci a léčbě SARS-CoV-2. Jsem si jist, že naše nejlepší a nejzkušenější mysli spolupracují, aby nám pomohly zachránit životy dnes i zítra, “řekl ředitel CDC Robert Redfield, MD
Sledování vývoje viru COVID-19
Data genomové sekvence mohou poskytnout bezprecedentní vhled do biologie SARS-CoV-2, viru, který způsobuje COVID-19, a mohou pomoci definovat měnící se krajinu pandemie. Sekvenováním virů z celých Spojených států mohou CDC a další úřady pro veřejné zdraví sledovat důležité změny viru a tyto informace použít jako vodítko pro sledování kontaktů, snahy o zmírnění veřejného zdraví a strategie kontroly infekce.
Konsorcium SPHERES je ambiciózní snaha koordinovat sekvenování genomu SARS-CoV-2 na národní úrovni a organizovat desítky menších individuálních snah do jediné distribuované sítě laboratoří, institucí a korporací. Konsorcium kombinuje odborné znalosti, technologie a zdroje 40 státních a místních oddělení veřejného zdraví, několika velkých klinických laboratoří a více než dvou desítek spolupracujících institucí napříč federální vládou, akademickou obcí a soukromým sektorem.
SPHERES zavede osvědčené postupy a standardy konsensuálních údajů, zrychlí sdílení otevřených dat a vytvoří soubor zdrojů a odborných znalostí, aby pomohl přinést špičkovou technologii do národní reakce COVID-19.
SPHERES data otevřená, sdílená
Členové konsorcia sdílejí závazek k rychlému sdílení otevřené sekvence. Plánují odeslat všechna užitečná data sekvence do veřejných úložišť v Národním centru pro biotechnologické informace Národní knihovny medicíny (NLM / NCBI), Globální iniciativě pro sdílení údajů o ptačí chřipce (GISAID) a dalších veřejných úložištích sekvencí. To pomůže zajistit, aby údaje o virové sekvenci z celých Spojených států byly rychle dostupné pro rozhodování v oblasti veřejného zdraví a volně dostupné pro výzkumné pracovníky z celého světa.
Členy konsorcia jsou:
Federální agentury a laboratoře
Centra pro kontrolu a prevenci nemocí, Úřad pro pokročilé detekce molekul
Argonne National Laboratory
Agentura pro obranné zdraví, Globální infekční Nemoc Dohled
Food and Drug Administration
Národní laboratoř Lawrence Berkeley
Los Alamos National Laboratory
Národní institut pro alergie a infekční choroby, Úřad pro genomiku a pokročilé technologie
Národní institut standardů a technologií
Národní centrum pro biotechnologické informace v National Library of Medicine
Výzkumný ústav armády Waltera Reeda
Státní / místní laboratoře veřejného zdraví
Arizona
Kalifornie
Delaware
District of Columbia
Florida
Hawaii
Maine
Maryland
Massachusetts
Michigan
Minnesota
Severní Karolina
Severní Dakota
Nevada
Nové Mexiko
New York
Utah
Virginie
Washington
Wisconsin
Wyoming
Akademické instituce
Univerzita Baylor
Cornell University
Centrum výzkumu rakoviny Freda Hutchinsona
Mount Sinai School of Medicine
New York University
Univerzita Severní Arizony
University of Buffalo
University of California, Berkeley
Kalifornská univerzita, Davis
Kalifornská univerzita, Irvine
University of California, Los Angeles
Kalifornská univerzita, San Francisco
Kalifornská univerzita, Santa Cruz
University of Chicago
Univerzita v Marylandu
University of Minnesota
Univerzita v Nebrasce
Univerzita Nového Mexika
Univerzita Washingtonu
Yale University
Společnosti
Diagnostika společnosti Abbott
bioMerieux
Barevná genomika
Gingko Bioworks
IDbyDNA
In-Q-Tel
LabCorp
Jeden kodex
Technologie Oxford Nanopore
Pacific Biosciences
Qiagen
Quest Diagnostics
Opravdu vědy o životě
Názvy společností jsou poskytovány pouze pro informační účely a jejich zahrnutí zde nepředstavuje schválení společností nebo žádného z jejich komerčních produktů nebo služeb Centrem USA pro kontrolu a prevenci nemocí.
Neziskové instituce veřejného zdraví nebo výzkumné ústavy
Sdružení laboratoří veřejného zdraví
Bill a Melinda Gates Foundation
Široký institut
BioHub Chan Zuckerberg
Institut Craiga Ventera
Aliance veřejného zdraví pro genomickou epidemiologii
Výzkum skriptů
Jacksonova laboratoř
Institut pro výzkum translační genomiky - sever
Walderova nadace
Za posledních šest let investoval program CDC Office of Advanced Molecular Detection do federálních a státních laboratoří veřejného zdraví s cílem rozšířit používání genomiky patogenů a dalších pokročilých laboratorních technologií pro dohled nad infekčními chorobami a reakci na ohnisko nákazy. Cílem současné investice do konsorcia je záchrana životů v pandemii SARS-CoV-2 a příprava Spojených států a světa na budoucí reakci na pandemii.
Chcete-li se dozvědět více o genomovém sekvenování nebo práci CDC v oblasti pokročilé molekulární detekce, navštivte stránku https://www.cdc.gov/amd/
